ذلك فقد جمع الإمام (عليه السلام) أبناءه وعبد الله بن جعفر فاستشارهم وقال: ما رأيكم؟ فقال عبد الله بن جعفر: يا أمير المؤمنين دع ما يريبك إلى ما لا يريبك، اعزل قيس عن مصر فقال لهم: والله ما أصدق بهذا على قيس، فتبادلت الكتب بين الإمام (عليه السلام) وبين عامله على مصر قيس بن سعد وهي مفصلة في متون السير وأهل التاريخ أطوي عنها روما للاختصار.
وكان عبد الله بن جعفر الطيار أخا لمحمد بن أبي بكر لأمه كما جاء في ترجمته فقال للإمام (عليه السلام) ابعث محمد بن أبي بكر إلى مصر يكفيك أمرها، وكان أهل مصر لهم ميل إلى محمد بن أبي بكر، فاستعمله على مصر، وكتب معه كتابا إلى أهل مصر، ذكرناه في ترجمة " محمد بن أبي بكر ".
فسلم قيس الأمر إلى الوالي الجديد محمد بن أبي بكر وخرج إلى المدينة المنورة، وقد أراد بعض العثمانيين استغلال الموقف، فجاءه حسان بن ثابت شامتا فقال له نزعك علي بن أبي طالب، وقد قتلت عثمان فبقي عليك