ترأس الغوغائية من الخارجين على الإمام عارض ذلك، وفرض أبا موسى الأشعري، لعلمه أنه كان عثماني الهوى، ولجأ إلى معاوية بالشام بعد عزله من إمارة الكوفة وطرده.
وبعد التوقيع على صحيفة الصلح، عاد مالك الأشتر إلى عمله بالجزيرة على الموصل، ونصيبين، وسنجار، وهيت، وعانات، وما تحت سلطانه من تلك الربوع والمناطق من أرض العراق، التي كانت في غاية الأهمية لقربها من حدود الشام، وطمع معاوية في فتح ثغرة للدخول منها والإغارة على المسلمين وقد ضبطها ضبطا محكما، والظاهر إنه لم يعد بعد صفين إلى الكوفة، ولم يشارك في قتال الخوارج من أهل النهروان لأنه كان منشغلا بحفظ حدود دولة الإمام (عليه السلام) مع الشام.
لقد استطاع معاوية وعمرو بن العاص أن يثيرا الشغب ويخلقا المتاعب في مصر لوالي الإمام محمد بن أبي بكر وقتله. تمهيدا لاحتلالها.