باصلاحات أدت بالاضرار إلى بعض المنتفعين، فنجد أعلام المعارضة ترتفع، وسيوف المعارضين تشهر، يتقدمهم طلحة والزبير ومعاوية وعائشة فجعلوا مقتل عثمان ذريعة لنواياهم السيئة، فقاموا بأعمال مضللة.
والأمام علي (ع) استعد للحرب للقضاء على هذه الفتنة، وقد جهزت أم المؤمنين جيشا وكان طلحة والزبير خير من يعينها وينهض معها بالأمر. وقع القتال بين الطرفين على مقربة من البصرة، اشتهرت الواقعة بحرب الجمل.
وقام الامام أيضا بحرب مع معاوية في الحدود العراقية الشامية، عرفت بحرب صفين، واستغرقت سنة ونصف السنة، وشغل بحرب مع الخوارج في النهروان، اشتهرت بحرب النهروان.
ويمكن القول بأن معظم تلك الفترة التي حكم فيها الإمام علي (ع) قد صرفت لرفع الاختلافات الداخلية، وبعدها أصيب بضربة على يد أحد الخوارج في مسجد الكوفة، وذلك صبيحة يوم التاسع عشر من رمضان المبارك لسنة 40 للهجرة، واستشهد يوم الواحد والعشرين من الشهر نفسه 1.
والتأريخ يشهد ان عليا أمير المؤمنين (ع) لم تكن تنقصه صفة من الكمالات الانسانية، ويؤيد هذا الادعاء كل عدو وصديق، فكان مثلا رائعا في الفضائل والمثل الاسلامية، ونموذجا حيا كاملا لتربية الرسول (ص).
ولا نعدو الحقيقة إذا قلنا ان الكتب التي تناولت هذه الشخصية الفذة سواء لدى الشيعة أو السنة وغيرهم من المحققين، لم تتناول أية شخصية أخرى بهذا القدر في الحياة البشرية.
كان علي - عليه السلام -، أعلم الصحابة، بل أعلم المسلمين، وهو أول من فتح باب الاستدلال الحر في المسائل العلمية، واستعان بالبحوث