وكانت مدة إمامة الهادي (ع) بعد أبيه (ع) ثلاثة وثلاثون سنة، وكانت إمامته في بقية ملك المعتصم، وملك الواثق خمس سنين وتسعة أشهر ثم هلك، وملك المتوكل أربعة عشر سنة، ثم بقي (ع) بقية تلك المدة في خلافة المنتصر والمستعين والمعتز، وفي ملك المعتمد استشهد (ع) كما سيجئ، وكان المتوكل أشدهم عداوة إليه فلا زال يضمر له الغوائل، وينصب لبغضه الحبائل، وكان دار ملكه لعنه الله سر من رأى، ومولانا الهادي (ع) مقيم بها بعد إشخاصه من المدينة بأمر المتوكل، وإنما فعل ذلك به ليصرف وجه الناس عنه لما رأى من زهده (ع) ومجده وفضله، وما أعطاه الله من المهابة والجلالة والكرامة والنبالة والاحاطة بجميع احكام الدين، وبما في الكتاب المستبين المكنون وما كان وما يكون، فخرج هذا الامر عنه إلى بني العباس.
وروي عن يحيى بن زكريا كما في كشف الغمة وغيره قال: دعاني المتوكل وقال: اختار ثلاثمائة رجل ممن تريد وأخرجوا إلى الكوفة وخلفوا أثقالكم فيها، وأخرجوا على طريق البادية إلى المدينة واحضروا علي بن محمد الهادي إلى عندي مكرما معظما.
قال الراوي: وسبب ذلك الاشخاص من المدينة إلى سر من رأى ما روي في كتاب (الفصول المهمة) أن عبد الله بن محمد كان مستنيب الخليفة المتوكل عليه لعائن الله في الحرب والصلاة بالمدينة المنورة على مشرفها وآله الصلاة والسلام، فسعى ذلك النائب في أبي الحسن (ع) إلى المتوكل بغضا وحسدا، وكان يقصده بالأذى غيظا وكمدا، فبلغ أبا الحسن (ع) سعايته به فكتب إلى المتوكل بتحامل عبد الله بن محمد عليه، وقصده الأذى منه له، فتقدم المتوكل بالكتاب إليه على جهل من القول والفعل، وكانت صورة الكتاب الذي كتبه له (ع):