الفقيه الأكبر الشيخ جعفر النجفي مع ما هو عليه من الفقاهة والرئاسة، كان يمسح تراب خفه بحنك عمامته، وهو من الذين تواترت عنه المكرمات ولقاءه الحجة صلوات الله عليه، ولم يسبقه في هذه الفضيلة أحد فيما اعلم إلا السيد رضي الدين علي بن طاوس، وقد ذكرنا جملة منها بالأسانيد الصحيحة في كتابنا دار السلام، والجنة المأوى، والنجم الثاقب لو جمعت لكانت رسالة حسنة إنتهى، تولد في الحائر الشريف سنة 1155 (غقنه).
حكي عن والده المرتضى انه رأى ليلة ولادة ابنه بحر العلوم ان مولانا الرضا عليه السلام أرسل شمعة مع محمد بن إسماعيل بن بزيع وأشعلها على سطح دارهم فعلى سناها ولم يدرك مداها يتحير عند رؤيته النظر، ويقول لسان حاله ما هذا بشر، تلمذ على جماعة من أساطين الدين من الفقهاء والمحققين منهم الأستاذ الأكبر البهبهاني، والعالم الجليل السيد حسين القزويني والسيد حسن الخونساري والسيد الاجل المير عبد الباقي إمام الجمعة بأصبهان، والآغا محمد باقر الهزار جريبي والمحقق الشيخ يوسف البحراني رضوان الله عليهم أجمعين.
وتلمذ عليه جماعة من الفحول، منهم الفاضل النراقي صاحب المستند وحجة الاسلام الشفتي، والشيخ محمد على الأعسم وقد تقمد وممن تلمذ عليه، وكان معظم قراءته عليه السيد السند الفقيه الفاضل المتتبع الماهر السيد جواد بن السيد محمد العاملي الغروي صاحب الشرح الكبير على قواعد العلامة الموسوم بمفتاح الكرامة قال في (ضا) لم تر عين الزمان ابدا بمثله كتابا مستوفيا لأقوال الفقهاء ومواقع الاجماعات وموارد الاشتهارات وأمثال ذلك.
وله أيضا تعليقات كثيرة على القوانين، وقد أذعن لكثرة اطلاعه وطول ذراعه وسعة باعه في الفقهيات أكثر معاصرينا أدركوا فيض صحبته بحيث نقل ان المحقق الميرزا أبا القاسم صاحب القوانين كان إذا أراد تشخيص المخالف في مسالة يراجع إليه فيظفر به