قد تركا زيارة المشهد الرضوي على ساكنه أفضل الصلاة خوفا من أن يكلفهم الشاه عباس الأول بالدخول عليه مع أنه كان من أعدل سلاطين الشيعة فبقيا في النجف الأشرف ولم يأتيا إلى بلاد العجم احترازا من ذلك المذكور انتهى.
توفي السيد محمد صاحب المدارك قبل خاله الشيخ حسن بجبع سنة 1009 (غط) وكتب خاله على قبره (رجال صدقوا ما عاهدوا الله عليه فمنهم من قضى نحبه ومنهم من ينتظر وما بدلوا تبديلا) وكتب أيضا:
لهفي لرهن ضريح كان كالعلم * للجود والمجد والمعروف والكرم قد كان للدين شمسا يستضاء به * محمد ذو المزايا طاهر الشيم سقى ثراه وهناه الكرامة والريحان * والروح طرا بارئ النسم وبقي بعد السيد محمد بقدر تفاوت ما بينهما من السن تقريبا وكان مدة حياتهما إذا اتفق سبق أحدهما إلى المسجد وجاء الآخر يقتدي به في الصلاة بل كان كل منهما إذا صنف شيئا عرضه على الآخر ليراجعه فيتفقان فيه على ما يوجب التحرير وكذا إذا رجح أحدهما مسألة وسأل عنها الآخر يقول ارجعوا إليه فقد كفاني مؤنتها.
قال صاحب (مل) في أحوال السيد محمد بن علي الموسوي صاحب المدارك كان فاضلا متبحرا ماهرا محققا مدققا زاهدا عابدا ورعا فقيها محدثا كاملا جامعا للفنون والعلوم جليل القدر عظيم المنزلة قرأ على أبيه وعلى مولانا احمد الأردبيلي وتلامذة جده لامه الشهيد الثاني.
وكان شريك خاله الشيخ حسن في الدرس وكان كل منهما يقتدي بالآخر في الصلاة ويحضر درسه وقد رأيت جماعة من تلامذتهما، له كتاب مدارك الأحكام في شرح شرايع الاسلام خرج منه العبادات في ثلاث مجلدات فرغ منه سنة 998 وهو من أحسن كتب الاستدلال وحاشية الاستبصار وحاشية التهذيب وحاشية على ألفية الشهيد وشرح المختصر النافع وغير ذلك انتهى.