وافاه بالموافاة ولمن أدى إليه الميثاق بالأداء وعلى من جحده بالانكار إلى غير ذلك كما ورد في الأخبار عن الأئمة الأطهار ولما ظهر لطائفة من تنطقه لبعض المعصومين كالسجاد حيث نازعه عمه محمد بن الحنفية في أمر الإمامة كما ورد في الروايات ومن عدم طاعته لغير المعصوم في نصبه في موضعه كما جرب غير مرة، وأما كون منزل إسماعيل آية فلانة أنزل به من غير ماء فنبع له الماء، وإنما خص المقام بالذكر في القرآن وطوى ذكر غيره لأنه أظهر آياته اليوم للناس، قيل سبب هذا الأثر أنه لما ارتفع بنيان الكعبة قام على هذا الحجر ليتمكن من رفع الحجارة فغاضت فيه قدماه، وقيل أنه لما جاء زائرا من الشام إلى مكة فقالت له امرأة إسماعيل انزل حتى نغسل رأسك فلم ينزل فجاءته بهذا الحجر فوضعته على شقه الأيمن فوضع قدمه عليه حتى غسلت شق رأسه ثم حولته إلى شقه الأيسر حتى غسلت الشق الآخر فبقي أثر قدميه عليه.
وفي الكافي عن الباقر (عليه السلام) وكان موضع المقام الذي وضعه إبراهيم (عليه السلام) عند جدار البيت فلم يزل هناك حتى حوله أهل الجاهلية إلى المكان الذي هو فيه اليوم فلما فتح النبي (صلى الله عليه وآله وسلم) مكة رده إلى الموضع الذي وضعه إبراهيم (عليه السلام) فلم يزل هناك إلى أن ولي عمر بن الخطاب فسأل الناس من منكم يعرف المكان الذي كان فيه المقام فقال رجل أنا قد أخذت مقداره بنسع (1) فهو عندي فقال تأتيني به فآتاه به فقاسه ثم رده إلى ذلك المكان ومن دخله كان آمنا.
في العلل عن الصادق (عليه السلام) أنه قال لأبي حنيفة أخبرني عن قول الله عز وجل ومن دخله كان آمنا أين ذلك من الأرض قال الكعبة قال أفتعلم ان الحجاج بن يوسف حين وضع المنجنيق على ابن الزبير في الكعبة فقتله كان آمنا فيها قال فسكت فسئله عن الجواب فقال من بايع قائمنا ودخل معه ومسح على يده ودخل في عقد أصحابه كان آمنا.