ثم عاد إلى جبل عامل وتوفي فيها، ووفاته إما في آخر القرن التاسع أو أوائل القرن العاشر، والله أعلم.
ودفن في قرية جبشيت من قرى جبل عامل، ثم خربت القرية فنزح أهلها منها وأصبحت محرثا، فلما خربت اختفى قبره بما تراكم عليه من التراب، ولم يزل مستورا بالتراب إلى ما بعد المائة الحادية عشرة لا يعرفه أحد، فظهر عند حرث تلك الأرض وعرف بما كتب عليه، وهو: " هذا قبر الشيخ إبراهيم بن علي الكفعمي رحمه الله ".
قال المولي الأفندي في الرياض 1: 22: وحكى لي بعض أفاضل الثقات من سادات جبل عامل - متعنا الله بدوام عمره وإفضاله - عن بعض ثقات أهل تلك النواحي من عجيب ما اتفق فيهم قريبا من هذه الأعصار، أن حراثا منهم كان يكرب الأرض بثوره، فأتفق أن اتصل رأس جارته حين الكراب بصخرة عظيمة اقتلعها من الأرض، فإذا هو من تحتها بجثمان مكفون قد رفع رأسه من التراب كالمتحير الفرق المستوحش، ينظر مرة عن يمينه وأخرى عن شماله ويسأل من كان عنده: هل قامت القيامة؟ ثم سقط على وجهه في موضعه، فأغمي على الراعي من عظم الواقعة، فلما أفاق من غشيته وجعل يبحث عن حقيقة الأمر رأى مكتوبا على وجه تلك الصخرة صفة صاحب العنوان: هذا [قبر] إبراهيم بن علي الكفعمي رحمه الله.
وقال السيد حسن الصدر في تكملة الأمل: 76: وحدثني بعض الأجلة الثقات أن قبره كان مخفيا وظفر به في المائة الحادية عشرة، وله حكاية غريبة مشهورة، وأيضا قد روى هذه الحكاية سيدنا آية الله العلامة صدر الدين العاملي عن بعض الثقات من أهل البلاد.
وقال السيد الأمين في الأعيان 2: 184: وبعض الناس يروي لظهوره حديثا لا يصح، وهو: أن رجلا كان يحرث فعلقت جارته بصخرة فانقلعت فظهر من تحتها الكفعمي بكفنه غضا طريا، فرفع رأسه من القبر كالمدهوش والتفت يمينا وشمالا، وقال: هل قامت القيامة؟ ثم سقط، فأغمي على الحارث، فلما أفاق أخبر أهل القرية