طرأت عليه اصلاحات وتحسينات كثيرة من البويهيين والحمدانيين وبعض العباسيين المتشيعين فأن المستنصر عمر الضريح المقدس وبالغ فيه وزاره مرارا، وكذلك جنكيزخان وغيرهم حتى وصلت العمارة إلى هذا الشكل من العظمة والأثاث التي شاهدها ابن بطوطة. إلا أن هذه العمارة احترقت سنة 753 ه‍ ولم يبق من عمارة عضد الدولة إلا القليل، وقبور آل بويه هناك ظاهره مشهورة لم تحترق، وكانت معروفة بقبور سبع سلاطين (1).
العمارة الرابعة:
بعد ما احترقت عمارة عضد الدولة جدد البنأ بانشاء عمارة جديدة سنة 760 ه‍. ويقول السيد محسن الأمين: (التي حصلت بعد عمارة عضد الدولة التي احترقت كما مر فجددت سنة 760 ه‍ ولا يعلم مجددها، وربما تكون من جماعة لا من شخص واحد ولذلك لم يذكر مجددها، والعادة قاضية بأنها لو كانت من شخص واحد لذكر اسمه خصوصا إذا كان معروفا وخصوصا ممن شاهدها) (2).
وفي تلك الفترة حدثت اصلاحات من البويهيين والحمدانيين وغيرهم.
العمارة الخامسة:
بعد أن تعاقبت الدهور ومرت عشرات من السنين على العمارة المتقدمة، تضعضعت القبة، وكانت ساحة الصحن ضيقة، فأمر الشاه صفي حفيد الشاه عباس الأول بهدم بعض جوانب القبر الشريف وتوسيعه، وتوسيع ساحة الحرم العلوي المطهر، في سنة 1047 ه‍، واشتغلوا بها إلى أن توفي الشاه صفي سنة 1052 ه‍، فأتمها ابنه الشاه عباس الثاني. وقيل إن العمارة للشاه عباس الصفوي