وان المباشر والمهندس لها الشيخ البهائي، فجعل القبة خضراء بعد ما كانت بيضاء.
ثم جدد العمارة الصفوية السلطان نادر الافشاري وزاد عليها وزخرف القبة الشريفة ومنارتي المشهد وإيوانه بالذهب الأبريز بعد فتحه الهند كما هي عليه اليوم، ويقال ان على كل لبنة تومانا نادريا من الذهب. وأهدى إلى المشهد الشريف من الجواهر والتحف شيئا كثيرا وذلك في سنة 1154 أو 1156 ه‍ وكتب اسمه داخل الباب الشرقي هكذا (المتوكل على الملك القادر سلطان نادر).
وعمر فيه بعد ذلك الشاه أحمد ناصر الدين القاجاري، ثم تنافست الملوك والامراء في عمارته والاهداء إليه، فأهدى إليه السلطان عبد العزيز العثماني شمعدانيين عظيمين من الفضة المؤزرة بالذهب على أبدع شكل، وكذلك إلى مشهد الحسين (عليه السلام) ومشهدي الكاظمية وسامراء، ومشهد الشيخ عبد القادر الكيلاني (1).