آثاره العلمية:
1 - التعميم: ذكره الأفندي في الرياض نقلا " عن رسالة لتلميذ الشيخ حسين بن مفلح الصيمري المعمولة لذكر بعض مشايخ الشيعة (1).
2 - التنبيه: ذكره الأفندي نقلا " عن الرسالة المذكورة، وعن بعض العلماء ولم يذكر اسمه، وسماه هذا الأخير: التنبه (2).
وذكرهما الخوانساري في الروضات عن بعض الفهارس (3).
3 - الثاقب في المناقب: وهو هذا الكتاب، وسيأتي الحديث عنه في فصل مستقل.
4 - الرائع في الشرائع.
5 - مسائل في الفقه.
6 - المعجزات: عد الكتب الثلاثة الأخيرة الشيخ منتجب الدين من مصنفاته (4).
ولعل كتاب المعجزات هذا هو نفسه كتاب الثاقب في المناقب، لاتحاد موضوعهما.
7 - نهج العرفان إلى هداية الايمان: نسب هذا الكتاب الشيخ زين الدين في رسالة الجمعة إلى عماد الدين الطبرسي، واستظهر الميرزا الأفندي " أنه هو هذا الشيخ، فيكون الطبرسي من غلط النساخ، والصواب