فوائد قيمة موجودة مع النسخ توجد مع بعض النسخ التي رأيناها فوائد قيمة حاولنا إيرادها حفاظا عليها.
وهي مبثوثة في هوامش النسخ بشكل مستقل، أو بشكل التعليق على ما ذكره المصنف.
وأكثرها موجود على هامش نسخة " د " المرقمة 514 في المكتبة المرعشية، وهي الفوائد 1 - 37.
وقد تكرر بعض هذه الفوائد في النسختين 454 و 2247، الموجودتين في نفس المكتبة، سوى ما يلي:
فالفائدتان 38 - 39 مذكورتان في نسخة 2247 فقط.
والفوائد 40 - 45 مذكورة في نسخة 454 فقط.
وقد مني ما جاء في هاتين النسختين - متنا وهامشا - بالتحريف والتشويش والغلط، فحاولنا إثبات ما فيهما بصورة صحيحة من دون إشارة.