فكانت الزعامة الدينية متمحورة على ابن شيخ الطائفة، وهو الفقيه المحدث الشيخ، الحسن بن محمد بن الحسن الطوسي، أبو علي، الملقب ب‍ (المفيد الثاني).
فحمل الأمانة بصدق وجد، فحافظ على الثقافة العلمية من أن تتعرض لها الحملات، وخرج من مدرسته العشرات من التلامذة، الذين كانوا سندا للطائفة في حضارتها الثقافية، وأساسا تبني عليها مستقبلها المجيد.
وجاء القرن السابع:
والمأساة الطائفية قد فشلت في إدخال اليأس في قلوب الأمة، فعادت الأمة تستجمع قواها، وتستعيد حيويتها، فكانت الجهود تبذل من أجل إحياء المذهب في مدرسة الحلة على يد أعلام من علمائها ومنهم آل طاوس، وآل المحقق، وآل المطهر، ومدرسة الري على يد أعلام من علمائها ومنهم آل بابويه، وقد تسنم الفقيه سديد الدين محمود الحمصي الرازي القمة في زعامة الطائفة في بداية هذا القرن.
واستهل القرن الثامن:
وقد نبغ العلامة على الإطلاق، الذي طبق صيته الآفاق، وتزعم الحركة التجديدية لمعالم الدين في العقيدة والشريعة، فأحيى المدارس وجدد المعاهد، ودعم المذهب، بإبراز معالمه حتى انتشر واشتهر، واقتنع من عرفه بأحقيته، وصحته، ودخل قلوب كثير من الملوك والأمراء والوجهاء، حتى عم.
وأهم إنجاز لهذا المجدد العظيم أنه اخترق عائلة المغول الذين داهموا البلاد الإسلامية، فأسلم حاكمهم على يد العلامة الحلي، وبذلك أخفقت نوايا الغزاة وانصهروا في بوتقة القوة الإسلامية.
وفي مطلع القرن التاسع:
توحدت القيادة للشيخ الأجل، الفقيه الأعظم الشيخ شرف الدين