الكوفة يحرضونه على قتال الأمويين، ورجعوا به إلى الكوفة سنة 120 ه‍ فبايعه أربعون ألفا على الدعوة إلى الكتاب والسنة، وجهاد الظالمين والدفع عن المستضعفين، وإعطاء المحرومين والعدل في قسمة الفيئ، ورد المظالم، ونصرة أهل البيت.
وكان العامل على العراق يوسف بن عمر الثقفي، فكتب إلى الحكم بن الصلت وهو في الكوفة أن يقاتل زيدا، ففعل، ونشبت معارك انتهت بمقتل زيد، في الكوفة، وحمل رأسه إلى الشام فنصب على باب دمشق، ثم أرسل إلى المدينة فنصب عند قبر النبي (صلى الله عليه وآله وسلم) يوما وليلة، وحمل إلى مصر فنصب بالجامع، فسرقه أهل مصر ودفنوه.
ووقف المجمع العلمي في ميلانو " بإيطاليا " مؤخرا على " مجموع في الفقه " رواه أبو خالد الواسطي عن زيد بن علي، فإن صحت النسبة كان هذا الكتاب أول