لما ثار المصريون بزعامة محمد بن أبي بكر، ومحمد بن أبي حذيفة خرج الثوار إلى عثمان في المدينة مع محمد بن أبي بكر وأقام محمد بن أبي حذيفة بمصر بعد أن أخرج منها عامل عثمان عبد الله بن أبي سرح، وصلى بالناس الجماعة، وخطب فيهم، وضبطها فلم يزل بها مقيما حتى قتل عثمان ابن عفان، وبويع لعلي بن أبي طالب (عليه السلام) بالخلافة. أظهر معاوية الخلاف وتابعه عمرو بن العاص على ذلك طمعا بمصر فجهز معاوية عمرو بن العاص بجيش جرار [طليعته أربعة آلاف رجل من أهل الشام] فسار إلى مصر لمحاربة محمد بن أبي حذيفة فيها فنزل بعين شمس قبل قدوم قيس بن سعد بن عبادة مصر أميرا عليها من قبل الإمام علي (عليه السلام)، معالجا دخول مصر فلم يقدر على ذلك، فما زال عمرو بن العاص يخادع محمد بن أبي حذيفة حتى خرج إلى عريش مصر في ألف رجل فتحصن بها وجاءه عمرو