والدراسات العالية في الفقه والأصول والفلسفة.
ذلك كله خارج مدارس منتدى النشر وكليتها أما فيها فقد نذر حياته على تنميتها وتطويرها بمختلف الألوان.
وكان يقوم فيها بتدريس الأدب والمنطق والفلسفة والفقه والأصول من المستوى الأولي إلى المستوى العالي، لا تمنعه من ذلك مكانته المرموقة في الحوزة، ولا إمكانياته الفكرية العالية.
وكم رأينا الشيخ محمد رضا المظفر يحاضر على الصفوف الأولى من مدارس منتدى النشر، ويتلقى أسئلتهم برحابة صدر، ويدفعهم إلى البحث والدرس والتفكير، ويحشر نفسه معهم، حتى كان يبدو للانسان، لأول وهلة، أنه يخاطب زملاء له في الدراسة، لا طلابا بهذا المستوى.
وكان الشيخ يمتاز فوق ذلك كله بعمق النظر ودقة الالتفاتة وسلامة الذوق وبعد التفكير فيما تلقينا عنه من الفقه والأصول والفلسفة.
وقد حاول الشيخ في بدء حياته الدراسية أن يلم بعلوم الرياضة والفلك والطبيعة والعروض.
فقد اتفق أن وقعت يد الشيخ على طرف من الثقافة العصرية، وهو في بدء شبابه، فتذوقها، وحاول أن يشق طريقا إلى هذا اللون الجديد من الثقافة واتفق مع آخرين ممن كانوا يتذوقون هذا اللون الجديد من الثقافة على أن يراسلوا بعض المجلات العلمية كالمقتطف وبعض دور النشر لتبعث إليهم هذه الصحف والكتب التي تحمل إليهم هذا اللون الجديد من الفكر.
وأتيح للشيخ فيما بعد أن يستمر على هذه الحالة ويواكب الحركة الفكرية الناشئة ويأخذ نصيبا وافرا من هذه (العلوم الجديدة)، كما كانوا يسمونها، ويتأثر بها تأثرا بالغا إلى جنب تأثره بشيوخه في الفقه والأصول والفلسفة.