الصادق (عليه السلام) رغم انشغاله في بناء سلطته وترسيخ دعائمها. فما فرغ من توطيد ملكه حتى أرسل على الإمام الصادق (عليه السلام) من المدينة إلى الحيرة ليفتك به. وما كان يدفعه إلى ذلك إلا الحذر من أن يتجه الناس إلى الإمام الصادق لأنهم كانوا يرون أن الخلافة تجمع السلطتين الروحية والزمنية، ولا يرونها سلطانا خالصا لا علاقة له بالدين (1).
وقد ابتدأ السفاح في اللحظة الأولى من خلافته بتبرير حقوق آل العباس بالخلافة ليدفع آل علي عن المطالبة بأحقيتهم في الخلافة، فادعى أن العباسيين هم أهل البيت الذين أذهب الله عنهم الرجس. وهم القربى والعشيرة لرسول الله (صلى الله عليه وآله)، وأن الله أوجب على الناس حقهم ومودتهم، ووصف نفسه بالسفاح المبيح والثائر المبير (2). أما داود بن علي فقد اعتبر أن العباسيين ورثوا الخلافة شرعا، وأنها ستبقى في أيديهم حتى يسلموها إلى عيسى بن مريم (3).
موقف الإمام (عليه السلام) من ثورة محمد ذي النفس الزكية كانت ثورة محمد بن عبد الله بن الحسن إحدى الأحداث الخطيرة التي عاصرها الإمام الصادق (عليه السلام)، والتي قامت في وجه المنصور بعد أخيه أبي العباس السفاح (4). ولقد جهد المنصور في القبض على محمد بن عبد الله