مصنفاته، منها رسالة في حلية الجمع بين فاطميتين رد فيها على شيخنا الشيخ يوسف، وكتاب مقاطع الفضل جمع فيه مسائل أنيقة بل رسائل بليغة رشيقة إلى غير ذلك إنتهى.
وله أخ أصغر اسمه الآغا عبد الحسين كان من العلماء والفقهاء المعروفين متوطنا ببلدة همدان، له شرح على المعالم.
توفي بعد نيف و 1240، وتوفى والدهما المحقق البهبهاني في الحائر الشريف سنة 1208 (غرح)، ودفن في الرواق الشرقي المطهر قريبا مما يلي أرجل الشهداء رضوان الله تعالى عليهم أجمعين.
حكي عنه (ره) انه سئل بم بلغت ما بلغت من العلم والعزة والشرف والقبول في الدنيا والآخرة؟ فكتب في الجواب لا اعلم من نفسي شيئا استحق ذلك إلا اني لم أكن أحسب نفسي شيئا ابدا ولا اجعلها في عداد الموجودين ولم آل جهدا في تعظيم العلماء والمحمدة على أسمائهم ولم اترك الاشتغال بتحصيل العلم مهما استطعت وقدمته على كل مرحلة ابدا.
ثم أعلم ان لآغا محمد علي بن المحقق البهبهاني ولدا فاضلا اسمه احمد، ولد في كرمانشاه سنة 1191، وقرأ في كرمانشاه على والده، وفي العراق على بحر العلوم وكاشف الغطاء، وصاحب الرياض، والميرزا مهدي الشهرستاني والمحقق الأعرجي، وأجازه السيد المجاهد وأثنى عليه ثناء بليغا.
له مصنفات كثيرة منها مرآة الأحوال في معرفة الرجال، وكتاب في تاريخ المعصومين عليهم السلام وتحفة المحبين في فضائل سادات الدين وإمام الأئمة الطاهرين عليهم السلام، وتفسير القرآن، والمحمودية في شرح الصمدية ألفها باسم أخيه آغا محمود وجملة من مؤلفاته كتبت في بلاد الهند توفى في كرمانشاه سنة 1243 (غرمج)، ودفن في مقبرة والده (ره).