أمر بعقره، فقصد الأشتر نحوه أول الناس فضربه على عرقوبيه وعنقه سبع ضربات ولم يصنع شيئا، فانصرف وقال: إن الله قد أعد لقتل هذا غيري ثم حمل عمار بن ياسر على الجمل فلم يصنع شيئا، وجعل الناس يضربونه فلا يصنعون شيئا، حتى حمل عمر بن عبد الله المرادي فضربه على عرقوبه الأيمن فأبانه ثم ضرب عرقوبه الأيسر فأقعى وقام على يديه وله رغاء وعجيج شديد، ثم ضرب يديه فأبانهما حتى صرعه لجنبه وله عجيج ورغاء، فضربه على عنقه ورأسه وعينيه حتى قتله.
وحمل عبد الله بن عوف بن الأحمر الأزدي على طلحة والزبير لا يريد غيرهما وأنشأ يقول:
يا أيها الشيخان قولا واعلما * أن عليا خير من تكلما ممن بقي منا ومن تقدما * غير النبي المصطفى لما سما وقال عبد الرحمن بن عبيد الثقفي مر بنا الزبير منصرفا حتى صار بوادي السباع، وتبعه عمرو بن جرموز ومعه رجلان فركضوا في أثره، وقد كان الزبير لقيه رجل من بني تميم يقال له عمرو بن تميم وكان شجاعا نجدا فقال للزبير: هل لك أن أجيرك؟ فقال له الزبير ومن أنت؟ فأخبره فلم يعجبه أن يجيره وكره صحبته، ثم لقيه رجلان أحدهما من مجاشع والآخر من سعد بن زيد مناة فأجاراه، ولحقه ابن جرموز وصاحباه، فحرك الدارمي والسعدي فرسيهما فقال: أين تذهبان نحن ثلاثة وهم ثلاثة؟ ومضيا وتركاه، وحمل عليه ابن جرموز فوقف له الزبير ونصب رايته، فانصرف عنه ابن جرموز، فطعنه في حربان درعه فصرعه عن فرسه، فاعتوروه وقتلوه، فأخذ ابن جرموز فرسه وخاتمه وسيفه وحثا عليه التراب، وهرب غلامه.
ورجع ابن جرموز إلى الأحنف ممسيا فأخبره الخبر، فقال له الأحنف: والله ما أدري أحسنت أم أسأت، انطلق بنا إلى أمير المؤمنين (عليه السلام) فأتياه فإذا هو جالس في ملأ من أصحابه، فأخبره الأحنف خبر الزبير وابن جرموز فقال علي (عليه السلام): بابن جرموز أنت قاتل ابن صفية؟ قال: نعم يا أمير المؤمنين، هذا سيفه وهذا خاتمه