فقتله في مكان من ساحل البحر، وكان هناك جماعة من التركمان فرأوا في تلك الليلة أنوارا تنزل من السماء وتصعد، فدفنوه هناك وبنوا عليه قبة.
وأخذ الرجل رأسه إلى السلطان، فأنكر عليه وقال: أمرتك أن تأتيني به حيا فقتلته. وسعى السيد عبد الرحيم العباسي صاحب معاهد التنصيص في قتل ذلك الرجل فقتله السلطان.
وفي رواية: ان القبض عليه كان في المسجد الحرام بعد فراغه من صلاة العصر، فأخرجوه إلى بعض دور مكة وبقي هناك محبوسا شهرا وعشرة أيام، ثم سافروا به على طريق البحر إلى قسطنطنية وقتلوه بها في تلك السنة، وبقي مطروحا ثلاثة أيام ثم طرحوا جسده الشريف في البحر.
وحدث الشيخ البهائي عن والده أنه دخل في صبيحة بعض الأيام على الشهيد فوجده متفكرا، فسأله عن سبب تفكره فقال: يا أخي أظن أن أكون ثاني الشهيدين وفي رواية ثاني شيخنا الشهيد في الشهادة لأني رأيت البارحة في المنام أن السيد المرتضى علم الهدى عمل ضيافة جمع فيها جميع العلماء الامامية بأجمعهم في بيت، فلما دخلت عليهم قام السيد المرتضى ورحب بي فقال لي: يا فلان اجلس بجنب الشيخ الشهيد، فجلست بجنبه، فلما استوى بنا المجلس انتبهت، ومنامي هذا دليل ظاهر أني أكون تاليا له في الشهادة.
وفي الدر المنثور: انه لما سافر السفر الأول إلى إسطنبول ووصل إلى المكان الذي قتل فيه تغير لونه، فسأله أصحابه عن ذلك فقال: يقتل في هذا المكان. رجل كبير أو قال عظيم الشأن، فقتل في ذلك المكان.
قال: ووجدت بخط الشيخ المرحوم المبرور الشيخ حسين بن عبد الصمد رحمه الله بعد سؤاله، وصورة السؤال والجواب: سئل الشيخ حسين بن عبد الصمد:
" ما يقول شيخ الاسلام فيما يروى عن الشيخ المرحوم المبرور الشهيد