في معرفة العلوم الثلاث مجلد، كتاب نهج العرفان في علم الميزان مجلد، كتاب بسط الإشارات مجلد، كتاب المحاكمات بين شراح الإشارات ثلاث مجلدات، كتاب الإشارات إلى معنى الإشارات مجلد، كتاب كشف الخفاء من كتاب الشفاء خرج منه مجلدان، كتاب النور المشرق في علم المنطق، كتاب التعليم الثاني عدة مجلدات خرج منه بعضها، كتاب إيضاح المعضلات من شرح الإشارات مجلد، كتاب كشف التلبيس وبيان سير الرئيس مجلد، كتاب كشف المشكلات من كتاب التلويحات.
وقد أجزت للشيخ زين الدين علي أعلى الله شأنه المذكور ابن الشيخ عز الدين ابن عبد العالي ما أجازه لي الشيخ جمال الدين بن الحاج علي المذكور أولا بطريقه المذكور في هذا الفصل أيضا وهذه صورته:
فصل نذكر فيه كلام ولد الشيخ جمال الدين المسمى بفخر الدين محمد وجوابه في المسائل التي أجاب عنها بخطه من غير زيادة ونقصان:
لله الحمد تأمل العبد الفقير إلى الله تعالى محمد بن الحسن بن يوسف بن علي بن المطهر المسائل التي أفادها مولانا السيد المعظم العلامة الأعظم أشرف الطالبيين مفخر العلويين، الحائز اللحظ الأوفى من فضائل الأخلاق، الفائز بالسهم المعلى من طيب الأعراق، أفضل علماء الآفاق أعلم الفضلاء على الاطلاق، نجم الدين مهنا بن سنان الحسيني أدام الله أيامه فوجدتها صادرة عن نفس قدسية، وفكرة نورانية، و فيض إلهي وتأييد رباني، راكبا فيها طريقة التحقيق، سالكا فيها مسالك التدقيق، فكتبت عليها ما خطر بفكري الفاتر، وذهني القاصر، فان طابق المراد فالحمد لله على السداد، وإلا فهو أول من ستر العوار، وجب العثار، وإنه على شيم أجداده الطاهرين وسنن أولياء الله المقربين، والتجاوز عن خطأ الخاطئين من شيم الحلم، وإصلاح الفاسد من فوائد العلم، وهو دامت سلامته متصف بالكمال، وحائز من الدنيا والآخرة الرياستين، وجمع بين العلم والعمل فهو من أهل زمانه الأفضل.