سال 381 در هفتاد و چند سالگى درگذشته و در رى مدفون شده و اينك قبر او در جنوب طهران در جايى كه در آن زمان بيرون شهر رى بوده معروف و زيارتگاه است و به " ابن بابويه " شهرت دارد. اين بقعه از زمانهاى قديم در اطراف طهران معروف بوده و چنانكه معروف است و نه تنها در كتابها باقى مانده (1) بلكه پيران زمان ما نيز بسيار روايت كرده اند در زمان فتحعلى شاه در حدود 1238 قمرى هنگامى كه باران سخت باريده و آب گرد مزارش را فرا گرفته بود شكافى در آن پيدا شده و به سردابى برخورده اند كه جسد او را در آنجا نهاده بودند و چون بدان سرداب رفته اند ديده اند كه بدن او دست نخورده مانده است و كفن او پوسيده و در كنار جسد ريخته بود اما پيكر او چنان مانده بود كه شناخته مىشد و سيد ابراهيم لواسانى از پيشوايان شيعه كه خود در اين واقعه شاهد بوده است براى مؤلف تنقيح المقال روايت كرده كه حتى رنگ حنا بر موى ريش و كف پاى او ديده مىشده و عنكبوتى بر عورت او تارى تنيده و آنرا پنهان ساخته بود.
بنايى كه اينك بر بقعه اوست در همان زمان ساخته شده و نوشته اند كه در اين واقعه جمعى كثير از ثقاة و معتبرين طهران بدانجا رفته و خود آن را به چشم ديده و حتى فتحعلى شاه خود در ميان ايشان بوده است. مؤلف تنقيح المقال درباره وى تحقيقى بدين گونه كرده است كه: در رى در 381 درگذشته و از آنچه آورديم معلوم شد كه پس از وفات عثمان عمرى در آغاز دوره سفارت حسين ابن روح ولادت يافته و وفات عمرى در 305 روى داده و در اين صورت وى بيش از چهل سال از طبقه هفتم و 31 سال از طبقه هشتم را درك كرده و عمرش هفتاد و چند سال بوده و در زمان پدرش و شيخش أبو جعفر محمد بن يعقوب كلينى در غيبت صغرى بيست و چند سال زيسته زيرا كه وفات آنها در 329 روى داده و آن سال وفات أبو الحسن على بن محمد سمرى است كه آخرين سفراى چهارگانه بوده است.
أبو جعفر محمد صدوق نه تنها از حيث شهرت بلكه از حيث كثرت مؤلفات و اهميت مقام و شهرت برخى از تأليفاتش يكى از مشهورترين پيشوايان شيعه بشمار مىرود و نه تنها كتاب " من لا يحضره الفقيه " او از " كتب اربعه " اساس طريقه شيعه است بلكه مؤلفين اهل سنت كه حتى در ضبط احوال رجال تعصب به خرج داده و دانشمندان شيعه را فروگذار كرده اند ذكرى از او كرده اند چنانكه خطيب در تاريخ بغداد (2) ترجمه مختصرى از او آورده و گويد: محمد بن حسين بن بابويه أبو جعفر قمى (3) به بغداد آمد و در آنجا از پدرش حديث روايت مىكرد و از شيوخ شيعه و رافضيان معروف بود محمد بن طلحه نعالى از محمد بن طلحة بن محمد از أبو جعفر محمد بن على بن حسين بن بابويه روايت كرده است و او گفته است پدرم روايت كرد از على بن ابراهيم از پدرش از حسين بن يزيد نوفلي از اسمعيل بن مسلم از جعفر بن محمد از پدرش از