بالهجرة الثانية إلى الحبشة بإمرة ابن عمه جعفر بن أبى طالب، كان خالد بن سعيد ممن شدوا رحالهم إليها، ويمكث خالد في الحبشة ما شاء الله أن يمكث، ثم يعود إلى المدينة مع إخوانه المؤمنين وفي مقدمتهم جعفر بن أبى طالب، وذلك سنة سبع من الهجرة، فيجدون المسلمين قد فرغوا لتوهم من فتح خيبر، وفرح رسول الله صلى الله عليه وآله وسلم بقدومهم وقال قولته المشهورة: والله ما أدرى بأيهما أشد فرحا، بفتح خيبر أم بقدوم جعفر (وأصحابه).
وقد هاجر خالد إلى الحبشة ومعه امرأته أميمة بنت خالد الخزاعية، وولدت له بها ابنه سعيد بن خالد، وابنته التي سماها (أم خالد) باسم أمه، وهاجر بعده إلى أرض الحبشة أخوه عمر وبن سعيد والتحق به، وقدما إلى المدينة معا بقيادة جعفر بن أبى طالب في السفينتين.
وكلم رسول الله صلى الله عليه وآله المسلمين، فأسهموا لهم، وشهد خالد عمرة القضاء، وفتح مكة، ومعركة حنين، والطائف، وتبوك، وبعثه رسول الله صلى الله عليه وآله إلى اليمن واليا، وقيل: على صدقات مذحج وعلى صنعاء، فتوفى النبي صلى الله عليه وآله وهو عليها.