ولما ظهرت البوائق من حكم عثمان بن عفان وانحرافه عن حكم الإسلام وسيرة الشيخين، تصدى عمار له معلنا معارضته والدفاع عن الحق والإسلام، وناشد عليا (عليه السلام) بهذه الكلمات الرائعة.
أيا ناعي الإسلام قم فانعه * لقد مات عرف وبدا نكر أما والله لو أن لي أعوانا لقاتلتهم، والله لو قاتلهم واحد لأكونن ثانيا.
وليس لجهاد عمار وثباته غاية إلا للدفاع عن بيضة الإسلام، وكلمة الحق.
قال ابن قتيبة: كتب بعض أصحاب النبي (صلى الله عليه وآله) كتابا ذكروا فيه ما خالف عثمان من سنة رسول الله (صلى الله عليه وآله) وسنة صاحبيه. وما كان من هبته خمس أفريقيا لمروان بن الحكم وفيه حق الله ورسوله، وأمورا أخرى ارتكبها عثمان على خلاف الحق، ثم تعاهد الأصحاب ليدفعن الكتاب في يد عثمان وكان ممن حضر الكتاب عمار بن ياسر، والمقداد والأسود وكانوا عشرة، فلما خرجوا