ألف - الشفاء: وهو يشتمل على المنطق والطبيعيات والإلهيات والرياضيات وقد طبع أخيرا في مصر في أجزاء، وبالإمعان فيما ذكره في مبحث النبوة يعلم منه مذهبه، قال: والاستخلاف بالنص أصوب، فإن ذلك لا يؤدي إلى التشعب والتشاغب والاختلاف (1).
باء - الإشارات: وهو يشتمل على المنطق والطبيعيات والإلهيات، وهو من أحسن مؤلفاته، وفيه آراؤه النهائية، وقد وقع موقع العناية لمن بعده، فشرحه الإمام الرازي (543 - 606 ه‍) والمحقق الطوسي (597 - 672 ه‍) والشرح الثاني كان محور الدراسة في الحوزات العلمية.
2 - نصير الدين الطوسي: سلطان المحققين وأستاذ الحكماء والمتكلمين (597 - 672 ه‍) وهو أشهر من أن يذكر، شارك في جميع العلوم النظرية فأصبح أستاذا محققا مؤسسا، أثنى عليه الموافق والمخالف.
3 - الشيخ كمال الدين، ميثم بن علي بن ميثم البحراني (636 - 699 ه‍) الفيلسوف المحقق، والحكيم المدقق، قدوة المتكلمين، تظهر جلالة شأنه وسطوع برهانه من الإمعان في شرحه لنهج البلاغة في أربعة أجزاء، وله " قواعد المرام في الكلام " وكلاهما مطبوعان.
4 - العلامة الحلي: شيخ الشيعة جمال الدين المعروف بالعلامة الحلي (648 - 726 ه‍) له الجوهر النضيد في شرح منطق التجريد، وكشف المراد في الكلام، وكتبه في المنطق والكلام والفلسفة تنوف على العشرين.
5 - قطب الدين الرازي (ت 766 ه‍) تلميذ العلامة الحلي وأستاذ الشهيد الأول، له شرح المطالع في المنطق، والمحاكمات بين العلمين: الرازي ونصير الدين الطوسي.