الدور الأول:
يبدأ بانتقال الشيخ الطوسي (رحمه الله) إلى النجف الأشرف في منتصف القرن الخامس الهجري وتأسيسه هيئة علمية منظمة، ذات حلقات متواصلة، وقد ظهر أثر ذلك في كتابه " أمالي الشيخ الطوسي " الذي كان يمليه على طلابه وتلامذته (1)، وكان من أهم ما ركز عليه تنسيقه للدراسة العلمية في أقسامها الثلاثة: الفقه والأصول والحديث. فقد وضع في هذه العلوم الثلاثة، مؤلفات عديدة كانت موضع اهتمام الأعلام المبرزين من الفقهاء والأصوليين، وكانت مناهج للدرس والبحث لفترة طويلة.
بقي الشيخ الطوسي في النجف مدة 12 سنة، من سنة 449 إلى يوم وفاته سنة 460 هجرية، وقد طور الدراسة والمناهج الدراسية واستخدم القواعد والأصول بدلا من عرض النصوص الذي كان سائدا في السابق.
بعد الشيخ الطوسي المؤسس:
في عام 460 هجرية لبى الشيخ الطوسي الكبير - باني مجد الجامعة النجفية - نداء ربه، وقد منيت الجامعة بخسارة كبيرة لا تعوض، ولكن سيرها ونموها لم يقف بفضل تلميذه الفذ وولده البار الشيخ الحسن بن محمد المعروف ب‍ (أبي علي الطوسي)، وكان من ألمع طلاب والده، فقد تصدى هذا العالم وخلف والده، فقام بدور فعال وبناء في إدارة دفة الجامعة وزعامة حوزتها بكل جدارة ومقدرة، وسار على منهاج شيخه وبنى على ما أسس أستاذه وأبيه، فقد استمرت الجامعة