في (الرضوية) ونسخة أخرى معها رسالة التشكيك للمولى حمزة كانت في النجف في كتب السيد محمد اليزدي ابن سيدنا الطباطبائي.
(حكمة العين) في الحكمة والفلسفة تأليف أبى الحسن على بن عمر الشهير بدبيران الكاتبي القزويني تلميذ الخواجة نصير الدين الطوسي. توفى (675). وعليها شروح وحواش تأتى في محالها.
(416: الحاشية عليها) للمدقق الميرزا محمد بن الحسن الشيرواني المتوفى (1098) ذكرها كذلك في " جامع الرواة " وسيأتي أن له الحاشية على " شرح حكمة العين " أيضا (418: الحاشية عليها) للآقا رضى الدين بن الآقا حسين الخوانساري، كذا ذكره الشيخ عبد النبي القزويني في " تتميم أمل الآمل " ولعلها أيضا حاشية على شرحها كما يأتي بعنوان حاشية الشرح كما أن الحاشية على شرح حكمة العين الموسومة به " سواد العين " سيأتي ذكرها انشاء الله تعالى في السين.
(حياة الأرواح) للمولى محمد جعفر الاسترآبادي المتوفي (1263) كما يأتي.
(419 الحاشية عليها) للشيخ محمد باقر بن محمد جعفر البهاري الهمداني المتوفي (1333) ذكرها في فهرس كتبه وهي موجودة بمكتبته بهمدان.
(خلاصة الأقوال في علم الرجال) تأليف العلامة الحلي المتوفي (726) يأتي.
(420: الحاشية عليها) للشيخ عز الدين الحسين بن عبد الصمد الحارثي العاملي الجبعي المتوفي (984) ذكر في فهرس تصانيفه بعنوان " التعليقة ".
(421: الحاشية عليها) للشيخ السعيد زين الدين بن علي بن أحمد الشامي العاملي الشهيد في (966) علقها بخطه على هوامش نسخة الخلاصة وقد حصلت تلك النسخة عند الشيخ مساعد بن بديع بن الحسن الحويزي المعاصر للشيخ الحر كما ترجمه في " أمل الآمل " فاستنسخ عنها الشيخ مساعد بخطه نسخة ونقل على هامش نسخته جميع ما علقه الشهيد على هوامش نسخته، وقد فرغ من كتابتها لنفسه في رابع عشر ذي القعدة (1074). وهي كانت عند الشيخ الحر وينقل عنها في كتاب رجاله كما صرح به في أوله وجعل رمزها (ز) إشارة إلى حاشية زين الدين، ونسخة، خط الشيخ مساعد موجودة في مكتبة (الصدر) ثم إن الشيخ عبد الحسين بن الحاج جواد البغدادي المعاصر المتوفي (رجب - 1365) عمد إلى استخراج تلك الحواشي