ومهما يكن من شئ فقد خلف إسماعيل لولديه مالا جليلا - كما يقول وراق الامام - مالا تحرى الأب أن يكون حلالا كله، لا شبهة فيه.
قال أحمد بن حفص: دخلت على إسماعيل والد أبي عبد الله عند موته، فقال: لا أعلم من مالي درهما من حرام، ولا درهما من شبهة.
وقد سجل إسماعيل - رحمه الله - مولد ابنه محمد بخط يده: يوم الجمعة عقب الصلاة لثلاث عشرة ليلة خلت من شوال سنة أربع وتسعين ومائة ببخاري، وهو يوافق 21 يولية من عام 810 م.
ولم يلبث إسماعيل أن مات، وخلف محمدا صغيرا في حجر أمه، وأخا يكبره اسمه أحمد.
والامام بهذا ولد في عهد " الأمين " بعد عام من وفاة هارون الرشيد، ولد وقد بدأ الخلاف يدب بين الأمين والمأمون. وهم لم يدرك من أمر هذا الخلاف شيئا، ولم تؤثر الفتنة التي استعلت نيرانها بين الأخوين عليه في قليل أو كثير. إذ هي مرت به طفلا صغيرا.
وما إن شب عن الطوق، وبدأ في طلب العلم إلا وقد استقرت الأمور للمأمون، ودانت له الأطراف، ثم انتقلت الخلافة من المأمون في سنة 218 ه‍ إلى المعتصم الذي حكم حتى عام 227 ه‍.
وإذن فالبخاري قضى عهد الطلب والتحصيل والتوفق في ظل خليفتين قويين: هما المأمون والمعتصم، على الرغم من أن المأمون قد أنهى حياته بإشعال فتنة خلق القرآن 218 ه‍ تلك الفتنة التي واصل إذكاء نارها المعتصم، والتي لاقي منها علماء المسلمين شرا مستطيرا.