وتلمذ على أعلم أعلامها الشيخ محمد الباقر السبزواري صاحب الذخيرة، فآثره السبزواري بوده واعزازه وزوجه كريمته رغبة فيه، وولد له منها ولدان قضى الوباء عليهما وعلى أمهما سنة 1089.
وتوفي أستاذه السبزواري سنة تسعين بعد الألف، فاختلف السيد بعده إلى الفقيه العلامة الشيخ علي بن محمد بن الحسن بن الشهيد الثاني - وكان يومئذ بأصفهان - فحمل عنه علما جما، وأجازه الشيخ إجازة عامة.
وفي سنة تسع وتسعين بعد الألف تشرف السيد بزيارة الإمام الرضا عليه السلام، فرأى من استقبال العلماء واقبالهم عليه ما هو أهله، وقرأ فيها على الشيخ الحر صاحب الوسائل والأصل، وأجازه الشيخ إجازة مفصلة، وزوجه كريمته وهي أم الباقين من ذريته.
وفي سنة 1100 تشرف بحج بيت الله الحرام ورجع مع الحاج الشامي إلى بلاده، فورد بلدة " شحور " في ربيع الثاني سنة 1101، فأقام فيها مقبلا على شأنه مؤثرا للعزلة مستوحشا من أوثق إخوانه مشغولا في التأليف والتصنيف والإفادة والتدريس، وتربى على يده جماعة من العلماء، كالشيخ سليمان معتوق المتقدم ذكره، وولده السيد العلامة السيد صالح المتقدم ذكره وغيرهما.
وكانت له مصنفات كثيرة وخزانة كتب جليلة تشمل على ألوف أخذها احمد الجزار في الواقعة التي تقدم إليها الإشارة في ترجمة ولده السيد صالح وغيره. ومن آثاره الباقية قصيدته النونية الكبيرة نظم فيها حديث الكساء على الكيفية التي رواها الطريحي في المنتخب، وله " تعليقة شريفة على أصول الكافي "، و " بعض التعليقات على تعليقة الشهيد " و " مجموعة " كالكشكول تشتمل على أحاديث وأخبار ونوادر وأشعار فيها كل ما نقلناه من أحواله وأحوال أبيه وسلفه كما في بغية الراغبين.