بوفاة شيخه المفيد سنة 413 ه‍، ودامت خمس سنوات، وهي المدة التي قضاها مع الشيخ المفيد (قدس سره) في زعامته.
المرحلة الثانية: ابتدأت من سنة 413 ه‍ إلى سنة 436 ه‍، ودامت ثلاث وعشرين سنة، وهي مدة زعامة السيد المرتضى (ت 436 ه‍).
المرحلة الثالثة: ابتدأت من سنة 436 ه‍ إلى سنة 448 ه‍، ودامت اثنتي عشرة سنة، وهي المدة التي استقل بها الشيخ الطوسي (رضي الله عنه) بالزعامة الدينية المطلقة للشيعة ببغداد.
المرحلة الرابعة: ابتدأت من سنة 448 ه‍ إلى سنة 460 ه‍، ودامت اثنتي عشرة سنة، وهي المدة المتبقاة من زعامته الدينية والتي انطوت في آخرها صفحة حياته الشريفة في النجف الأشرف بعد أن حل بها مهاجرا من بغداد في بداية هذه المرحلة.
وبعد وضوح تلك المراحل التي احتوت على جميع مؤلفات الشيخ زمانا ومكانا، لا بد من التعرف على ما تناولته من العلوم الإسلامية بعيدا عن توزيعها على تلك المراحل أو بيان فائدة ذلك التوزيع وأهميته من الناحية العلمية لما بيناه في بحث آخر عن الشيخ الطوسي (رضي الله عنه) وكتابيه التهذيب والاستبصار (1).
ولأجل تلافي التكرار نكتفي بتقسيم مؤلفات الشيخ (رضي الله عنه) على العلوم الإسلامية، ومن ثم بيان دوره في تلك العلوم ما أمكن، فنقول:
من استقراء مؤلفات الشيخ (رضي الله عنه) وتصنيفها بحسب العلوم، نجد أنفسنا أمام حقيقة ثابتة، وهي أن الشيخ الطوسي (رضي الله عنه) قد تناول جميع العلوم