بذلك بل حدى بهم الأمر إلى تكفيره وتهديده بالقتل إن لم يقبل التحكيم، وبعد مهزلة التحكيم وفشله ورجوع جيش الإمام إلى الكوفة، خرج من المتمردين زهاء أربعة آلاف منهم، ومرقوا من الدين مروق السهم من الرمية، واتخذوا حروراء مقرا لهم ثم زحفوا بعدها إلى النهروان، ووقعت المعركة المعروفة بحرب الخوارج في النهروان، راح ضحيتها زهاء أربعة آلاف من المخدوعين.
وبعد الفراغ من حرب الخوارج ورجوع الإمام (عليه السلام) إلى عاصمة حكمه الكوفة أعلن عن تجهيز الجيش مرة ثانية للزحف وخوض لهوات الحرب مجددا مع معاوية وأهل الشام بعد الانتهاء من فترة الهدنة، ليسترجع الحق الشرعي المغصوب إلى أهله، وإعادة الفئة الباغية إلى رشدها، إلا أن يد الخوارج الأثيمة تصدت للإمام علي (عليه السلام) واغتالته في محراب مسجد الكوفة، وهو يؤدي صلاة الفجر، فضربه المجرم عبد الرحمن بن ملجم