فاستشهد، فحملها من بعده عبد الله بن رواحة وجاهد جهاد الأبطال، فاستشهد صريعا في حومة المعركة، وباستشهادهم تزعزع الجيش، فطلب من خالد بن الوليد أن يقود الجيش ويخوض غمار المعارك إلا أنه جبن عن مواصلة المعركة والقتال وعاد بالجيش إلى المدينة، فصار عرضة للوم والسخرية.
ترك جعفر زوجته أسماء وثلاثة أولاد.
روى ابن سعد في طبقاته وعدد من فطاحل العلماء وأصحاب السير، أن أبا بكر تزوج أسماء بنت عميس بعد شهادة جعفر الطيار بن أبي طالب، فولدت له محمدا وذلك في حجة الوداع بذي الحليفة [مسجد الشجرة ميقات أهل المدينة] وهي خارجة مع زوجها أبا بكر إلى الحج في السنة العاشرة من الهجرة، لخمس ليالي بقين من ذي القعدة.
ثم توفي عنها أبو بكر وترك محمدا طفلا، فتزوجها بعده الإمام علي (عليه السلام) فولدت له يحيى وعونا.