مضى محمد بن علي بن الحسين بن علي بن أبي طالب (صلوات الله عليه) وله سبع وخمسون سنة مثل عمر أبيه وجده (عليهما السلام) في عام مائة وأربعة عشر سنة من الهجرة في شهر ربيع الآخر.
وكان مولده (عليه السلام) قبل مضي الحسين جده بثلاث سنين وهي سنة ثمانين وخمسين من الهجرة.
وأقام مع أبيه علي بن الحسين (عليهما السلام) خمسة وثلاثين سنة غير شهرين.
وكان اسمه محمدا، وكنيته أبو جعفر لا غير.
ولقبه باقر العلم، والشاكر لله، والهادي، والأمين.
وروي ان رسول الله (صلى الله عليه وآله) قال لجابر بن عبد الله الأنصاري انك لن تموت حتى تلقى سيد العابدين علي بن الحسين وابني منه محمد بن علي (عليهما السلام) فإذا ولد محمد بن علي بن الحسين فصر إليه عند أوان ترعرعه تقرئ أباه السلام وتقول له اني أمرتك ان تلحق ابنه محمد في بيت وتقرئه مني السلام وتقبل بين عينيه وتسأله ان يلصق بطنه ببطنك