مخطوطات الكتاب نقصد بالنسخ المخطوطة ما ورد النص عليها في كتب المؤلفين، أو هي موجودة في المكتبات العامة أو الخاصة، أو ورد ذكرها في مخطوطات الكتاب.
وقد بلغت 68 نسخة، وهي موجودة في مختلف البلدان: في مكة والمدينة و صنعاء والنجف الأشرف وكربلاء والحلة وبغداد والبصرة والكوفة ودمشق من البلاد العربية. وفي إصفهان وطهران ومشهد وقم وشيراز ويزد وزنجان من البلاد الإيرانية.
وفي لكنهو وفيض آباد وبمبئي من البلاد الهندية.
وفيما يلي نورد فهرسا بنسخه، ونضع الموجودة منها بحرف مميز، وهي 25 نسخة (1):
1. نسخة الشيخ الحر العاملي الأولى، تاريخها 1087 ق، في مكتبة السيد الحكيم بالنجف في مجموعة رقمها 316.
2. نسخة عتيقة انتسخ عليها نسخة الشيخ الحر، كتبت بأمر السيد حيدرا، مذكورة في النسخة 1.
3. نسخة سقيمة قوبل عليها نسخة الشيخ الحر، وهي مذكورة أيضا في آخر النسخة 1.
4. نسخة العلامة الشيخ محمد تقي المجلسي، ذكرها في روضة المتقين: ج 12 ص 201، ج 14 ص 371.
5. نسخة العلامة المجلسي الأولى، ذكرها في أول بحار الأنوار: ج 1 ص 15، 76.
6. نسخة الشيخ شير محمد الهمداني الأولى، تاريخها 1353 ق، في مكتبة الإمام أمير المؤمنين عليه السلام بالنجف رقمها 3230.