إلا أن طرح سيد قطب لقضية الحاكمية استفز الإخوان لكونه كان يمثل في نظرهم طرحا متشددا لها ومستفزا من جانب آخر لنظام الحكم.
وهو فوق هذا يعد طرحا براقا للشباب جذبهم إلى خطه بعيدا عن خط حسن البنا (1).
وفي فترة الستينات بدأ سيد قطب يبرز على ساحة الحركة الإسلامية في مصر وبدا وكأنه التيار الذي يمثل المرحلة. مما دفع بالإخوان إلى الصدام به. وقد برز هذا الصدام بصورة واضحة داخل المعتقلات حين وجه عبد الناصر ضربته الثانية لتيار الإخوان، وقد أدى هذا الصدام إلى تصدع جماعة الإخوان وانقسامها إلى تيارين: تيار انحاز إلى سيد قطب وتيار بقي على خط البنا (2).
وكان خط سيد قطب يمثل تمردا على فكرة الإمامة عند أهل السنة (3).
وكان خط البنا يمثل الالتزام بهذه الفكرة (4).
إلا أن بعض أتباع قطب تناولوا أطروحته بشئ من الغلو ولم يحصروها في مواجهة الحكام فقط بل تعدوا إلى توجيهها للمخالفين لهم وللناس بشكل عام. وكانت هذه بداية ظهور خط التكفير في الوسط الإسلامي.