ومن حين وصل الهادي عليه السلام اليمن ظهر المذهب الزيدي والعقيدة الزيدية، وتأسست في اليمن إلى اليوم، فالهادي وجده القاسم عليهما السلام أكبر مراجع الزيدية في اليمن، وكتبهما تعرف بها عقائد الزيدية في اليمن، وقد ظهرت في اليمن حركة علمية وقام به أئمة أهل علم وفضل لا يسع هذا المختصر تعدادهم ومن أراد معرفتهم فليطالع كتاب الحدائق الوردية في أئمة الزيدية تأليف الفقيه حميد الشهيد رحمه الله، ولهم مؤلفات كثيرة جدا، وفي الحركات العلمية حصلت بعض خلافات في المذاهب الفرعية لأنهم لا يلتزمون التقليد للهادي عليه السلام بل من تمكن من الاجتهاد عمل بالدليل كما أنه كان في ضمن الخلافات من بعضهم ميل إلى المعتزلة في غير مسألة الإمامة بل في تفاصيل في علم الكلام أخرى وحصل من بعضهم إنكار ذلك والرد