ان تبني المعالم الكبرى في المنهج الإسلامي هو السبب في تعرض أهل البيت (عليهم السلام) للظلم والاضطهاد، وشن الحرب الدعائية والدموية ضدهم وضد منهجهم.
ولعل من أبرز تلك المعالم كانت الدعوة إلى التمسك بالكتاب والسنة، وعدم الإقرار بولاية ومشروعية الحاكم الظالم، والمناداة بدور العقل واحترام نشاطه الملتزم والإيمان بأن الإنسان حر مختار، وهو المسؤول عن اختياره وإرادته. إن تلك المبادئ التي جلاها منهج أهل البيت (عليهم السلام) من أعماق الرسالة الإسلامية لتشكل موقفا متكاملا يسلك كرد على حالات الركود والجبرية والخنوع للسلطات الجائرة، إذا ما عبثت بالكتاب والسنة وجاوزت الشريعة والقانون الإلهي. ورغم كل ما وضع من حجب، وما تبني من وسائل الإرهاب والتضليل استطاع أهل البصائر من ذوي العلم والوعي والفكر والفطرة السليمة اجتياز الحواجز النفسية، وإدراك الحقيقة، والوقوف إلى جنب الحق الذي تجسد في منهج أهل البيت (عليهم السلام) وخطابهم للأمة، فبالوعي والموضوعية اليقظة، والتحرر من الجمود، ومحاكمة التقليدي الموروث قادرة على الاكتشاف والتشخيص، لذا فإن الشعار العلمي السليم الذي تجب المناداة به، هو دعوة المسلمين إلى فتح آفاق الحوار العلمي البناء، والإطلال على ما بين أيدينا من ثروة علمية، وسيرة وتأريخ وتراث من خلال العقل الواعي المتفتح والصدر المنشرح، والقصد الباحث عن الحقيقة.
ويمكن تجسيد هذا المنهج من خلال انشاء مراكز للبحوث والدراسات الإسلامية المقارنة وتبني المعاهد والجامعات والمؤسسات الثقافية المختصة لهذا المنهج، وإعادة كتابة التأريخ والسيرة لتنقيتهما من الشوائب والمدسوسات، وتبني سياسة التقريب والتفاهم بين المسلمين.