أشهر مؤلفاته:
ومن أشهر كتبه القيمة الجامعة بين الموضوعية والدقة، والأناقة والرقة، والعمق والرفعة:
كتاب أبو هريرة: وهو كتاب فريد في بابه، تناول أبا هريرة الدوسي وأحاديثه الكثيرة المروية في كتابي البخاري ومسلم وغيرهما من أسفار أهل السنة، بالبحث والتحقيق الموضوعي. وقد أثار بعض كتاب القوم ضجة شديدة حوله، لأنه في الحقيقة ينسف أهم أسسهم في الأصول والفروع، أعني الأمرين المشهورين للذين لا أصل لهما - وكم من مشهور لا أصل له - وهما:
مسألة عدالة الصحابة أجمعين، ومسألة صحة أحاديث كتابي البخاري ومسلم، الموسومين بالصحيحين.
وكتاب النص والاجتهاد: وهو كتاب فقهي، أصولي، حديثي، كلامي، تاريخي... جمع فيه موارد كثيرة من مفارقات ومعارضات جماعة من الصحابة - الذين يقتدي بهم أهل السنة في الأصول والفروع - للكتاب والسنة الثابتة، معتمدا على أوثق كتب القوم وأهم مصادرهم.
وكتاب الفصول المهمة في تأليف الأمة: وهو كتاب جليل من أحسن الكتب الكلامية، استعرض فيه بعض المسائل الخلافية بين الشيعة والسنة، موضحا أن السنة هم الذين خالفوا في معتقداتهم ما تقتضيه الأدلة ويقرره الكتاب والسنة، وأنه إذا ما رجعوا إلى الله والرسول، ونبذوا أتباع غير من أمروا بأتباعه، عادت الأمة إلى الوئام واتفقت كلمة أهل الإسلام.
وكتاب المراجعات: فقد كانت للسيد - رحمه الله - في سنة 1329 ه‍ رحلة علمية إلى مصر، اجتمع خلالها برجالات العلم، وأصحاب الفضيلة في تلك الديار، وعقدت بينه وبين شيخ الأزهر يومذاك الشيخ سليم البشري المالكي اجتماعات متوالية، تداولا فيها جوانب الحديث في أمهات المسائل