الآيات القرآنية على أركانه، كما زين القبة بالقاشاني الأزرق المعرق، وأخيرا أعد لنفسه قبرا حفره إلى جنب قبر أبيه في الرواق فدفن فيه بعد وفاته. وبقي الميرزا محمد رفيع بعد ذلك ينفق على مشاريع البناء والإعمار حتى تمامه عام (1225 ه‍ / 1810 م).
في سنة (1210 ه‍ / 1796 م) في أول شوال الموافق 9 نيسان خرج الوزير سليمان باشا من بغداد متوجها إلى سامراء لزيارة الإمامين العسكريين. ثم بعد الزيارة ذهب إلى البساتين والبراري للصيد والتنزه وفي سنة (1285 ه‍ / 1868 م) وخلال حكم ناصر الدين شاه القاجاري المقتول سنة (1313 ه‍ / 1896 م) أمر بتعمير وتجديد بناء الروضة المطهرة ففرشت أرضها بالرخام الأخضر الذي جلب من إيران، وجدد الشباك الفولاذي بآخر فضي مذهب التاج، ورخم أرضه، كما أعاد فرش أرض الرواق والبهو والصحن