من جديد، وعمل بهوا أمام المرقدين، ثم أمر بنقل المقابر التي في صحن المرقد والتي أخذت تتزايد يوما بعد يوم، أمر بنقلها إلى الصحراء في مقبرة خاصة، كما قام بخدمات جليلة كثيرة.
وفي سنة (961 ه‍ / 1554 م) قدم إلى سامراء سيدي علي بن حسين المعروف سيدي علي رئيس معينا رئيسا للبحرية العثمانية من قبل السلطان العثماني سليمان الأول القانوني، وقام سيدي علي رئيس - وهو سني - بزيارة الإمامين العسكريين (عليهما السلام) وهو في طريق توجهه من حلب إلى البصرة لقيادة الأسطول العثماني والتحرك به إلى مصر.
وفي سنة (1106 ه‍ / 94 - 1695 م) وقع حريق في داخل الروضة المشرفة نتيجة ترك الخدم لسراج موقد في مكان غير مناسب، فوقعت منه نار على بعض الفرش فاحترق، وأخذت النيران تسري في الخشب حتى التهمت صندوقي المرقدين والأبواب، وجعلت كل شئ