البويهي أبو شجاع فناخسرو بن الحسن بن بويه الديلمي المتوفى سنة (372 ه‍ / 983 م) ببغداد والمدفون في النجف الأشرف، بزيارة سامراء، فأمر بوضع سياج من الساج حول المرقدين، ووسع الصحن، وعمر أروقته وستر الضريحين بالديباج، كما أشاد سورا للمرقد. علما بأن عضد الدولة هذا هو أول من أظهر قبر الإمام علي بن أبي طالب (عليه السلام) في ظهر الكوفة بالنجف الأشرف.
وفي سنة (407 ه‍ / 16 - 1017 م) وقع حريق في بعض أطراف المرقد المطهر، ويبدو أن أضراره كانت طفيفة.
وفي سنة (445 ه‍ / 1053 م) ترك الأمير التركي أبو الحارث أرسلان بن عبد الله البساسيري المتوفى سنة (451 ه‍ / 1060 م) وهو من مماليك بني بويه، ترك بغداد، وحل بتكريت، فأمر بعمارة المرقد الشريف عمارة عالية تليق بالإمامين العسكريين (عليهما السلام)، فعمر القبة والضريحين من جديد، وعمل صندوقين من