استعمل عماله على المدينة ولم يتخلف عنه من الوجوه إلا نفر، منهم الضحاك بن عثمان وعبد الله بن منذر الخرميان، وخبيب بن ثابت بن عبد الله بن الزبير.
قال سعد بن عبد الحميد بن جعفر: أخبرني غير واحد أن مالكا استفتي في الخروج مع محمد وقيل له: إن في أعناقنا بيعة للمنصور، فقال: إنما بايعتم مكروهين وليس على مكرة يمين،) فأسرع الناس إلى محمد ولزم مالك بيته.
قال أبو داود السجستاني: كان سفيان الثوري يتكلم في عبد الحميد بن جعفر لخروجه مع محمد ويقول: إن مر بك المهدي وأنت في البيت فلا تخرج إليه حتى يجتمع عليه الناس.
وذكر سفيان صفين فقال: ما أدري أخطأوا أم أصابوا.
وقيل: أرسل محمد إلى إسماعيل بن عبد الله بن جعفر بن أبي طالب وقد شاخ لبيايعه فقال: يا ابن أخي، أنت والله مقتول، كيف أبايعك فارتدع الناس عنه قليلا، فأتته حمادة بنت معاوية بن عبد الله فقالت: يا عم، إن إخوتي قد أسرعوا إلى ابن خالهم فلا تثبط عنه الناس فيقتل ابن خالي وإخوتي، فأبى إلا أن ينهى عنه، فيقال إنها قتلته، فأراد محمد الصلاة عليه، فقال ابنه عبد الله: يقتل أبي وتصلي عليه، فنحاه الحرس وصلى محمد. ثم إنه استعمل على مكة الحسن بن معاوية بن عبد الله بن جعفر، وعلى اليمن القاسم بن إسحاق، فقتل القاسم قبل أن يصل إليها، واستعمل على الشام موسى بن عبدة ليذهب إليها ويدعو إلى محمد قبل أن يصل موسى.
وكان محمد شديد الأدمة جسيما فيه تمتمة.
وروى عباس بن سفيان عن أشياخ له قالوا: لما ظهر محمد قلب المنصور لإخوته: إن هذا الأحمق يعني عبد الله بن علي، وكان في سجنه لا يزال يطلع له الرأي الجيد فأدخلوا عليه فشاوروه ولا تعلموه أني أمرتكم،