وأخوه شقيقه علي بن علي بن الحسين، كان يلقب الأفطس وأعقب. ومن عقبه حسين بن حسن بن علي بن علي بن علي بن الحسين: خرج على المأمون بمكة سنة تسع وتسعين ومئة.
وقيل لمحمد بن علي بن الحسين عليهم السلام: من أزهد الناس؟ قال: من لا يبالي في يد من كانت الدنيا. ومن العجب أن يشغل الرجل نفسه بشئ التدبير فيه إلى غيره.
وكان رضي الله عنه يقول: أدب الله محمدا صلى الله عليه وسلم أحسن الأدب، فقال: خذ العفو، وأمر بالعرف، وأعرض عن الجاهلين. فلما وعى عن الله عز وجل ما أمره قال: ﴿وإنك لعلى خلق عظيم﴾ (1). فلما قبل منه ما فوض إليه قال: (وما آتاكم الرسول فخذوه، وما نهاكم عنه فانتهوا) (2). وقال رضي الله عنه: " إن الله رضي الآباء للأبناء، فحذرهم منهم، ولم يرض الأبناء للآباء، فأوصاهم بهم. وإن شر الأبناء من دعاه التقصير إلى العقوق. وإن شر الأباء من دعاه البر إلى الإفراط.
وولد محمد الباقر جعفرا وهو الصادق: ولده أبو بكر الصديق، رضي الله عنه مرتين: أمه فروة بنت القاسم بن محمد بن أبي بكر، وأمهما أسماء بنت عبد الرحمن بن أبي بكر. وكان من ساكني المدينة، وبها مات في خلافة أبي جعفر في قول المدائني والواقدي. قال الواقدي: لما خرج محمد بن عبد الله بن حسن بن حسن بالمدينة على أبي جعفر هرب جعفر