ودفن بالمعلى قريبا من خديجة أم المؤمنين، عدها في " أمل الآمل " من جملة تصانيفه (1001: الحاشية عليه) للأمير رفيع الدين محمد بن حيدر الحسيني الطباطبائي، النائني شيخ العلامة المجلسي والمحدث الحر، وتلميذ الشيخ البهائي والمولى عبد الله التستري. توفى عن خمس وثمانين سنة في (1080) كما في السلافة، أو (1082) كما في " الروضات ". وما في " الفيض القدسي " من أن وفاته كانت في (1099) من غلط الطبع جزما، وان كان سيدنا الحسن حكم بصحته في " تكملة الامل " لان مؤلف " مناهج اليقين المعاصر للمولى خليل القزويني الذي توفى (1089) ينقل في مناهجه عن المولى خليل ويدعو له بسلمه الله وينقل عن الآقا رفيعا ويدعو له برحمه الله فيظهر ان الآقا رفيعا توفى قبل وفاة المولى خليل، وقد ذكر السيد حسين بن الأمير إبراهيم بن الأمير معصوم القزويني الحسيني في خاتمة كتابه " معارج الاحكام " أن جده الأمير معصوم بن محمد فصيح ابن المير أولياء الحسيني التبريزي القزويني المتوفى فجأة (1091) كان من تلاميذ الأمير رفيع الدين محمد النائني وبعد قرائته " أصول الكافي " عليه كتب له بخطه إجازة مع الاطراء له، قال وهو الذي جمع حواشي أستاذه على " أصول الكافي " في حياته وأنشأ له خطبة من نفسه، وكذا كتب عليها حواشي من نفسه تأتى بعنوان الحاشية على التعليقات، أولها (الحمد لله خالق الأشياء) وعناوينها (قوله قوله) رأيت النسخة التي وقفها السيد عباس الخرسان النجفي في (1269) وهي نسخة عصر المؤلف فرغ كاتبها (4 - ج 2 - 1074) ورأيت أيضا نسخة أخرى فرغ كاتبها (1080) وهي بخط السيد محمد باقر بن هداية الله الحسيني وعليها حواشي الشيخ على وغيره، وعدة نسخ أخرى في (سپه سالار) وغيرها، وأتم تلك النسخ وأكملها ما ينتهى إلى كتاب القرآن باب انا أنزلناه.
(1002: (الحاشية عليه) للشيخ محمد بن الشيخ قاسم المذكور في (العدد 999) وأخ الشيخ إبراهيم المذكور وله أيضا حواش كثيرة بخطه على النسخة المذكورة.
(1003: الحاشية عليه) للشيخ العالم نظام الدين بن أحمد الدشتكي، نقل منها كذلك الميرزا فضل الله في " عين الغزال ص 11 ".
(كاشف الظلام في علم الكلام) تأليف الميرزا حبيب الله الرشتي المتوفى (1312) يأتي