انه وشى بالشيخ إلى خليفة الوقت العباسي احمد، انه هو وأصحابه يسبون الصحابة وكتابه المصباح يشهد بذلك، فقد ذكر ان من دعاء يوم عاشوراء: (اللهم خص أنت أول ظالم باللعن مني وابدأ به أولا ثم الثاني والثالث والرابع، اللهم اللعن يزيد خامسا)، فدعا الخليفة بالشيخ والكتاب، فلما أحضر الشيخ ووقف على القصة الهمه الله ان قال: ليس المراد من هذه الفقرات ما ظنه السعاة، بل المراد بالأول قابيل قاتل هابيل، وهو أول من سن الظلم والقتل، وبالثاني قيدار عاقر ناقة صالح، وبالثالث قاتل يحيى بن زكريا، من أجل بغي من بغايا بني إسرائيل، وبالرابع عبد الرحمان بن ملجم قاتل علي بن أبي طالب عليه السلام، فلما سمع الخليفة من الشيخ تأويله وبيانه قبل منه ورفع منزلته وانتقم من السعاة.
لم يبرح الشيخ في بغداد مدة اثنتي عشرة سنة حتى وقعت الفتنة بين الفريقين سنة 448، احترقت من جرائها كتبه وداره في باب الكرخ وكرسي كان يجلأآلهتنا عليه للكلام 1، فهاجر وقتئذ إلى النجف الأشرف، فهو أول مؤسأآلهتنا للمركزية العلمية في العتبة المقدسة العلوية، فتسللت إليه رواد العلم وظماء الفضائل، حتى برعوا بفضله الجم الغفير، ونشروا ألوية العلم والدين بعده.
مشايخه:
نذكر هنا أسماء مشايخه وفقا لما أثبته العلامة النوري في خاتمة المستدرك، وما عثر عليه في كتبه، والإجازة الكبيرة لاية الله العلامة الحلي لبني زهرة، وأمالي ولد الشيخ أبي علي: