1 - الاختصار في كلامه، وحذف الموارد الزائدة والمواضع غير الضرورية فيه، إذ كثير من الموارد قد أطنب فيه صاحب الكشاف وأطال، فسعى الشيخ المصنف إلى اختصار هذا الإطناب خدمة للموضوع الذي يرى فيه موضع فائدة للقراء.
2 - في موارد اختلاف آراء الإمامية مع المعتزلة في تفسير الآية، فإنه (قدس سره) يعدل عن رأي صاحب الكشاف ويثبت ما يعتقده الحق.
3 - إيراده بعض الروايات من طرق الخاصة والتي لا توافق مذهب صاحب الكشاف، بل كثير منها مخالف له.
منهج هذا الكتاب:
ولا يخفى أن هذا التفسير لم يرتب على منهج " مجمع البيان " في تبويبه وترتيبه، وإنما وضع على منهج الكشاف في تسلسله الموضوعي، إذ تذكر في بداية المقال الآيات التي تتعلق بالموضوع المدرج، ثم يؤتى بها مجزأة ويتخللها الشرح لمعاني المفردات أو لمعنى الآية مجملة، ثم يذكر الأوجه الأدبية لتلك المعاني من الصرف والإعراب واللغة والاشتقاق والبلاغة والبيان...، وأحيانا الفقه والكلام، ثم ينقل الأقوال من دون تقسيم أو تنظيم، وهكذا حتى يأتي على آخر الآيات.
منهجية التحقيق:
لا يخفى على ذوي الخبرة في ميدان تحقيق الكتب والآثار القديمة بما يواجهه المحقق من مصاعب شتى في مسيرة عمله التحقيقي، من الحصول على النسخ المعتمدة تارة، ومطابقة هذه النسخ ومقابلتها مع بعضها من أجل تثبيت موارد الاختلاف والمواضع المضطربة أو المشوهة أو الممزقة في بعضها تارة أخرى، فالحصول على نسخة مشتملة على كافة الشرائط التي تجعل منها " معتمدة " والتي يمكن أن تجرى عليها باقي مراحل العمل التحقيقي ليس بالأمر