شيخه الدارقطني (قال الشيخ: اختلف قوم ببغداد من أهل العلم، فقال قوم:
عثمان أفضل، وقال قوم: علي أفضل، فتحاكموا إلي فيه، فسألوني عنه، فأمسكت وقلت: الامساك عنه خير، ثم لم أرد السكوت وقلت: دعهم يقولون فيما أحبوا فدعوت الذي جاءني مستفتيا، وقلت: ارجع إليهم وقل: أبو الحسن يقول: عثمان - رضي الله عنه - أفضل من علي باتفاق جماعة أصحاب رسول الله (صلى الله عليه وسلم)، هذا قول أهل السنة، وهو أول عقد يحل في الرفض)، كما أن الدارقطني كان يجرح الكثير بسبب تشيعهم الممقوت كما سيأتي في كتاب الضعفاء.
والتهمة الثانية:
انه أشعري، وسبب هذه التهمة ما رواه أبو ذر الهروي تلميذ الدارقطني:
قال: (... كنت ماشيا مع الدارقطني فلقينا القاضي أبا بكر فالتزمه الدارقطني وقبل وجهه وعينيه، فلما افترقا قلت: من هذا؟ قال: هذا امام المسلمين والذاب عن الدين القاضي أبو بكر بن الطيب..)، وهذه الحادثة تدل على سمو أخلاق الدارقطني وتواضعه، فقد قال له أبو ذر: (.. من هذا الذي صنعت به ما لم اعتقد انك تصنعه وأنت امام وقتك؟.. ذلك أن الدارقطني لم يكن مغرورا بنفسه مزهوا بعلمه، وإنما كان متواضعا مجلا لأهل العلم والفضل، قال الذهبي بعد أن الورد حكاية أبي ذر بشأن أبي بكر الباقلاني: (قلت: هو الذي كان ببغداد يناظر عن السنة وطريقة الحديث بالجدل والبرهان وبالحضرة روى المعتزلة والرافضة والقدرية وألوان البدع،