1 - التأريخ ووصفه الخطيب بأنه (تأريخ كبير...).
2 - سؤالات محمد بن عثمان لعلي بن المديني اقتبس منه الخطيب البغدادي في تأريخ بغداد من طريق أبي نعيم الحافظ.
3 - سؤالات محمد بن عثمان لطائفة من شيوخه في الجرح والتعديل، رواية أبي نعيم أحمد بن عبد الله عن أبي علي الصواف عن محمد بن عثمان بن أبي شيبة، حيث سأل فيها طائفة من شيوخه أمثال يحيى بن معين، وعلي بن المديني ووالده عثمان بن أبي شيبة عن أحوال الرجال جرحا وتعديلا.
4 - كتاب فيه ذكر خلف آدم وخطيئته وتوبته... الخ.
5 - كتاب العرش وما ورد فيه...
6 - السنن في الفقه.
أقوال العلماء فيه.
تضاربت أقول العلماء فيه فمنهم من وثقه وأثنى عليه، ومنهم من ذمه وشأنه وطعن فيه... فقد سأل أبا عليا صالح بن محمد عن محمد بن عثمان بن أبي شيبة؟ فقال ثقة وقال عبدان: ما علمنا إلا خيرا كتبنا عن أبيه المسند بخط ابنه، الكتاب الذي يقرأ علينا ويبدو أن مكانته عند ابن معين وعلي ابن المديني كانت طيبة، وكان من المقربين إليهما وكما يظهر ذلك من سؤالاته