عشر شهر محمر الحرام سنة 1203 من الهجرة في محروسة إصفهان وقد كتبه لي ملا حسين علي بن آقا زمان في ربيع الثاني سنة 1266 وأنا محمد كاظم بن الحاج محمد صادق). ثم يبدء كتاب اليقين من الورقة 82 إلى الورقة 192 وبقي النسخة ناقصة على الباب 181 وبعده أوراق بياض ليس فيها علامات الختم ولا التاريخ).
الخامس: نسخة مكتبة آية الله المرعشي قدس سره بقم المقدسة، رقمها 6682 جاء ذكرها في المجلد 17 من فهرس المكتبة ص 243، وفيما يلي معربه مختصرا: كتبه بخط النسخ هداية الله بن عناية الله الدزفولي في 136 ورقة في 4 رجب 1016. وقوبل بنسخة أخرى). ويوجد الميكرو فيلم منه في نفس المكتبة. أقول: تحتوي النسخة في أوله بعد الخطبة على فهرس وضعه المؤلف للكتاب في 22 ورقة وإتماما للعمل نورده في هذه الطبعة.
السادس: نسخة مكتبة مجلس الشورى القديم بطهران، وهي في مجموعة مخطوطات الطباطبائي برقم 432 ولم يطبع الفهرس الذي يتضمن ذكرها.
وفيما يلي وصف النسخة: (كتبه بخط النسخ حسين بن محمد الگلپايگاني في يوم الأحد، الرابع من شهر رجب سنة 1281، وهي في القطع المتوسط 5 / 13 / 22 في 112 ورقة وتتضمن النسخة الفهرس الذي وضعه المؤلف.
السابع: أورد العلامة المجلسي أكثر أحاديث كتاب اليقين في (بحار الأنوار)، حتى الأحاديث المذكورة آخر الكتاب بعد الأبواب، وما لم يذكره في البحار إنما هو المتكرر منها في الأغلب.
ولذلك استخرجنا منها جميع ما أورده من أحاديث اليقين وكتبنا موضعها من البحار في الهامش، واستقصينا تلك في جميع مجلدات البحار ال‍ 110.
وحيث أن النسخة الموجودة من الكتاب عند العلامة المجلسي كان أقدم النسخ الموجودة. أشرنا في الهامش إلى ما اختلف بينها وبين النسخ الأخرى، ورمزنا إليها بكلمة (البحار).