وهي هذه: (كتاب اليقين أو كشف اليقين في اختصاص مولانا علي عليه السلام بإمرة المؤمنين، للسيد السند المؤيد المسدد صاحب الكرامات الباهرة الجلية فخر الشيعة، تاج الشريعة، رضي الملة والإسلام والدين، أبي القاسم علي بن موسى بن جعفر بن محمد بن محمد الطاوس قدس الله ترتبه الزكية. استكتبه لنفسه، وأنا المذنب المسئ حسين بن محمد تقي بن علي (؟) محمد تقي النوري الطبرسي، في مشهد مولانا أمير المؤمنين عليه السلام سنة 1281 قمري).
ثم إنه لم يتيسر لنا المقابلة على هذه النسخة بأجمعها، نعم راجعناها في بعض العبارات المغلقة والكلمات التي لم تقرء في سائر النسخ، ورمزنا إليها بكلمة (المشكاة).
الثالث: نسخة مكتبة (ملك) بطهران التابعة لمكتبة (آستان قدس) بالمشهد الرضوي ويوجد الميكرو فيلم منها في مكتبة (آستان قدس).
جاء ذكرها في المجلد الأول من فهرس مكتبة ملك في عداد الكتب العربية في ص 594، وفيما يلي معربه مختصرا:
(كتبت بالنسخ في القرن الثالث عشر في 152 ورقة، تقع آخر ورقة منها على الباب 170 وسقط باقي الكتاب من النسخة).
وقد تمت المقابلة على الميكرو فيلم من هذه النسخة ورمزنا إليها بحرف (م).
الرابع: نسخة العلامة السيد محمد على الروضاتي بإصفهان. تفضل سماحته حفظه الله بإرسال النسخة إلينا من مكتبته الخاصة في إصفهان ورأيتها في سنة 1410 ه‍. وهي مجموعة تتضمن ثلاثة كتب: بغية الطالب، الرسالة الصومية للشيخ جعفر كاشف الغطاء وكتاب اليقين وهذا وصف النسخة:
كتب بخط النسخ، استكتبها السيد ميرزا جلال الدين الچهار سوقي ابن ابن صاحب روضات الجنات، يبدء بالكتابين الأول والثاني ويختم في الورقة 80 وكتب في آخره صورة تاريخ المنتسخ هكذا: (... أول نهار الجمعة ثامن